Kontrola zdraví a pohody zvířat by měla být v útulku provedena nejméně jednou za 24 hodin vyškoleným jedincem. 

V ČR je ustanoven zákonný požadavek, aby každý, kdo pečuje v útulku o opuštěná nebo toulavá zvířata měl speciální kurz odborné přípravy, tzv. odchytový kurz, organizovaný Veterinární a farmaceutickou univerzitou v Brně (zákon č. 166/1999 Sb.). 

Zkontrolovat by se mělo během dne každé zvíře. Kontrola by měla zahrnovat monitoring zdraví a pohody každého zvířete a také monitoring případných technologických závad, které mohou vést k poranění zvířat. 

Kontrola by měla proběhnout ideálně před úklidem kotců, aby zahrnovala i kontrolu prostředí kotce jako takového, příjem krmiva, spotřeby vody, moč, feaces, a případných zvratků. 

V případě skupinového ustájení by měla být kontrola provedena také během krmení, aby se zavčas odhalily případné konflikty a nežádoucí zápolení o krmivo Pokud by nějaké zvíře vykazovalo od poslední kontroly příznaky bolesti, utrpení, zvýšeného stresu, vážně alterovaného zdravotního stavu, život ohrožující stavy, anebo příznaky zoonózy, je nezbytné stav zvířete neprodleně řešit ve spolupráci s veterinárním lékařem, podezření na výskyt nebezpečné nákazy pak hlásit, minimálně v rámci České republiky, příslušným úřadům (zákon č. 166/1999 Sb.). 

Pokud zjevně zdravá zvířata zůstávají v péči útulku po dobu delší než 1 měsíc, mělo by se zopakovat základní vyšetření v rozsahu vstupního vyšetření, včetně vyšetření hmotnosti a kondice zvířete a aktualizovat zdravotní kartu zvířete. 

Komplexní vyšetření veterinárním lékařem by mělo být provedeno u zdravých zvířat min. 2x ročně, popř. vícekrát pokud je to nutné z hlediska zdraví zvířete. 

Útulek by měl rovněž zajistit pravidelnou péči o srst zvířat, např. vyčesávání srsti, aby tak udržoval srst zvířat čistou a upravenou. Špinavá a neupravená srst, zvláště u dlouhosrstých plemen zvířat, je pro zvířata nepohodlná a navíc předurčuje k onemocnění kůže a souvisejícím problémům. 

Rozdělení zvířat při příjmu může hrát zásadní roli v zachování zdraví a dobrých životních podmínek přijímaných zvířat. Počínaje příjmem by měla být zvířata oddělena podle druhu a věku, jakož i jejich fyzických a povahových vlastností a dle aktuálního zdravotního stavu chování. Mladá zvířata (tj. štěňata a koťata cca do 20 týdnů věku) jsou náchylnější k onemocnění, a proto by jim měla být poskytnuta speciální pozornost při ochraně před nákazami, což může být zajištěno právě jejich oddělením od zbytku útulkové populace. Zdravá zvířata by neměla být ustájena společně s nemocnými a mělo by být s nimi i odděleně zacházeno.

Zdravotní záznamy

Součástí veterinární praxe útulků by mělo být rovněž vedení přesných a úplných lékařských záznamů o každém jednotlivém zvířeti. V ideálním případě by lékařské záznamy měly obsahovat identifikační údaje zvířete, datum příjmu zvířete, zdroj příjmu zvířete, datovaný seznam všech provedených vyšetření, diagnóz, terapií (včetně všech aplikovaných léků, jejich dávkování a způsobu podání) zákroků a vakcinací během pobytu v útulku. 

Individuální zdravotní stav každého zvířete by měl být vyhodnocen a zaznamenán v době příjmu a poté pravidelně aktualizován. To umožní zavčas rozpoznat jakékoli problémy nebo změny zdravotního stavu zvířat, které se objeví během jeho pobytu v útulku. 

Vstupní hodnocení zdravotního stavu zvířete by mělo zahrnovat rovněž důkladné skenování zvířete čtečkou mikročipů, a to hned několikrát za pomocí univerzální čtečky popř. více čteček, které budou kompatibilní s normou čipů, které jsou na trhu v dané oblasti. Pravděpodobnost detekce mikročipů se totiž zvyšuje s četností pokusů o načtení mikročipu čtečkou. Nedokonalé skenování nebo migrace čipu může zapříčinit to, že zvíře bude v útulku pobývat déle, než by bylo nutné, a tudíž se bude prodlužovat doba, kdy útulek nebude znát majitele zvířete, a tudíž ani případnou zdravotní anamnézu přijatého zvířete.