Vakcíny jsou životně důležité prostředky, které by měly být využívány jako součást celkového preventivního veterinárního programu útulku. Vakcinační strategie útulku musí být speciálně uzpůsobena pro jednotlivé útulky kvůli vyššímu riziku expozice infekčním onemocněním a kvůli předpokladu, že mnoho zvířat přijímaných do útulku má neznámou anamnézu imunity proti potenciálně život ohrožujícím infekcím. Některé vakcíny zabraňují infekci, zatímco jiné pouze snižují závažnost klinických příznaků. 

Řada odborníků se shoduje, že protokoly musí být přizpůsobeny každému jednotlivému zařízení. Je totiž zřejmé, že neexistuje žádný univerzální protokol pro všechny útulky a jejich situaci, protože každé zařízení může mít svá specifika. K dispozici je několik publikací věnující se, mimo jiné, hlavním zásadám základního očkování v útulcích, které jsou obecně použitelné pro většinu útulků. V tomto rámci by měly být všechny specifické protokoly očkování přizpůsobeny pro každý jednotlivý útulek zvlášť, po konzultaci s veterinárním lékařem útulku, s přihlédnutím k možným rizikům i výhodám zvoleného očkování, endemickému výskytu nákaz, potenciálu expozice těmto nákazám a dostupných finančních zdrojů útulku.

Protože riziko onemocnění je v útulcích často vysoké, doporučují někteří očkování zvířat provádět nejlépe ještě před samotným příjmem zvířete do útulku nebo bezprostředně po příjmu. Útulky, které neočkují základními (tzv. „core“) vakcínami okamžitě při vstupu nebo neočkují všechna příchozí zvířata, se vystavují mnohem vyššímu riziku propuknutí některého ze závažných infekčních onemocnění, kterým by se očkováním jinak mohly vyhnout. Za dostačující se v prostředí útulku považuje aplikace alespoň jedné vakcinace, avšak v případech, kdy to finanční situace dovolí, by měly být základní nemoci revakcinovány v souladu se standardními postupy uvedenými v doporučeních. Březost a lehká onemocnění či zranění by neměly být kontraindikací očkování, jelikož riziko onemocnění vysoce virulentními patogeny je mnohem vyšší než relativně nízké riziko možných problémů spojených s očkováním.

Základní očkování pro většinu útulku pro psy a kočky představuje především u koček očkování proti felinní virové rhinotracheitidě, kaliciviru a panleukopenii a u psů proti psince, hepatitidě, parainfluenze a psímu parvoviru a Bordetelle bronchiseptice. Přístup k očkování vztekliny závisí od toho, zda je útulek v lokalitě s endemickým výskytem vztekliny, ale také na platných nařízeních a místních předpisech. Například v České republice je dána všem chovatelům (to zahrnuje i útulky) povinnost očkovat všechny psy starší 3 měsíců proti vzteklině (zákon č. 166/1999 Sb.). Pokud je to vůbec zapotřebí, tak by mělo být zvíře minimálně jedenkrát vakcinováno proti vzteklině při propouštění zvířete z útulku.

Mnoho zvířat vstupujících do útulků je infikováno vnitřními a vnějšími parazity. I když to není vždy klinicky zjevné, parazité mohou být snadno přenášeni a způsobovat významná onemocnění a utrpení zvířat, navíc dlouho přetrvávají v životním prostředí a představují tak i riziko pro veřejné zdraví. Útulky mají odpovědnost za snížení rizika přenosu parazitů a zoonóz na člověka a další zvířata. Útulky by proto měly mít zavedeny účinné programy kontroly parazitů navržené po konzultaci s veterinárním lékařem specificky pro daný útulek. Jednou studií bylo například zjištěno, že až 53% příchozích psů do útulků je infikováno některým druhem vnitřních parazitů. 

Mezi nejčastější vnitřní parazity zjištěné u psů v útulcích patří například Teanium sp., Cystoisospora sp., Giardia sp., Ankylostoma sp. a také Toxocara canis Např. v České republice bylo ve dvou útulcích zjištěno, že prevalence výskytu vnitřních parazitů významně stoupala během doby pobytu psa v útulku. Dále jsou zvířata v útulku ošetřena proti zevním parazitům. Bezprizorní psi i kočky často trpí zablešením a případně otodektovým svrabem.