Stejně jako v jiných chovech zvířat, tak i v útulcích může docházet k úhynům zvířat přijatých do takovýchto zařízení. Často hynou především zvířata, která byla do útulku přijata již ve velmi špatném zdravotním stavu, např. sražená autem, zanedbaná, napadená infekcí, nebo v celkově špatné kondici a špatném zdravotním stavu, který již nebylo možné efektivně řešit. K úhynům v útulcích však také často dochází při propuknutí vážných infekčních nemocí jako je např. parvovirové onemocnění u psů, nebo panleukopenie, FIP nebo FIV u koček. Úhyny zvířat v útulcích někdy tvoří také novorozená mláďata, která se v útulku narodila avšak z rozličných důvodů nepřežila déle než pár týdnů od narození. Často o tato mláďata odmítne pečovat matka, např. z důvodu nezkušenosti, nebo přílišného stresu prostředí útulku. Může se jednat také o genetické příčiny, kdy zvířata byla nakryta zcela neznámým psem o nevhodné velikosti a konstituci a porod štěňat tak mohl být komplikován.

Utrácení zvířat v útulcích je povoleno v České republice jen za zákonem daných podmínek. Patří zde např. slabost, nevyléčitelná nemoc, těžké poranění, genetická nebo vrozená vada, celkové vyčerpání nebo stáří zvířete, jsou-li pro další přežívání spojeny s trvalým utrpením, bezprostřední ohrožení člověka zvířetem. Důvody jako jsou agresivita psa nebo jiné špatné behaviorální předpoklady zvířete, nemožnost či neschopnost umístit zvíře po delší době do adopce nejsou v České republice zákonným důvodem k euthanasii takovýchto zvířat. Např. na Slovensku je však povoleno utratit zvířata umístěna v útulcích, pokud pro ně není možné zajistit náhradní péči. Odhaduje se, že je takto na Slovensku utraceno až 2 000 psů. Např. ale v USA, Austrálii nebo Velké Británii jsou útulková zvířata běžně utrácena i z behaviorálních nebo kapacitních důvodů. V USA se odhaduje, že je takto utraceno až 4 milionů psů ročně. Ve Velké Británii se jedná o desítky až statisíce psů. Některé studie uvádí, že v USA se utratí něco mezi 7-20% všech psů přijatých do útulků. V České republice však není etický ani legislativní důvod utrácet takováto, avšak jinak zdravá zvířata, protože byť jsou české útulky značně vytíženy provozem, populační dynamika zvířat v českých psích útulcích je natolik vyrovnaná, že většina zvířat je adoptována do 4 týdnů od přijetí.