Vaječníky jsou kryty epiteliálním pouzdrem – u fen zcela, u koček částečně. Povrch vlastního vaječníku kryje jednovrstevný cylindrický nebo kubický germinativní epitel. Vaječník se dělí na část korovou (zona parenchymatosa) a dřeňovou (zona vaskulosa), základem je vazivové stroma. Korová vrstva obsahuje folikuly v různém stádiu vývoje a v této části také dochází k tvorbě pohlavních hormonů