Bakterie jsou jednobuněčné mikroorganismy, které nemají pravé jádro s jadernou membránou a řadíme je mezi prokaryota. Na rozdíl od virů jsou schopné vlastní reprodukce. Množí se zpravidla mimo hostitelskou buňku - extracelulárně, některé i v hostitelské buňce – intracelulárně. Přítomnost nukleové kyseliny umožňuje reakci organismu a tvorbu imunitní odpovědi. Velikost bakterii je různá. Mezi nejmenší bakterie patří mykoplasmata s velikostí okolo 0,2 μm. Díky své velikosti a absenci buněčné stěny jsou schopny měnit svůj tvar, což jim umožňuje procházet i bakteriologickými filtry. Mezi velmi malé bakterie řadíme dále chlamydie (0,3 μm) nebo rickettsie (0,5 μm). Většina bakterií dosahuje velikosti od 0,5 do 3 μm.
V současnosti je největší známá bakterie Thiomargarita namibiensis, která může dosahovat velikosti až 0,75 mm.
Tvar
těla může být kulovitý – koky
(Streptococcus). Pokud je uspořádán do shluků
ve tvaru hroznů (Staphylococcus).
Protáhlý štíhlé tyčinky jsou charakteristické
pro mykobakterie, které jsou původcem
tuberkulózy. Pokud jsou tyčinky velmi
protáhlé, označujeme je vlákna
(např. původce červenky –
Erysipelothrix rhusiopathieae). Dále
mohou být tyčinky prohnuté – vibria
(původce cholery – Vibrio cholerae) nebo spirálovitě
zahnuté – spirochéty nebo
Helicobacter pylori. U některých bakterií je
typická mnohotvárnost – pleiomorfie. Pleimorfií se
vyznačují také starší
kultury
kultivovaných bakterií.
Bakterie je tvořena nepravým jádrem (nukleoid), které není obklopenou jadernou membránou a cirkulární DNA je volně v cytoplazmě. Obsah bakteriální buňky vyplňuje cytoplasma a na jejím povrchu je cytoplasmatická membrána tvořená dvojitou vrstvou fosfolipidů, v niž jsou vnořeny různé bílkoviny. Celá prokaryotní buňka je pak zpravidla chráněna bakteriální stěnou. Je přítomna u většiny bakterií, nevyskytuje se však u mykoplazmat. Ta je tvořena vrstvou peptidoglykanu. U grampozitivních bakterií vrstva těchto polysacharidů velmi silná a při Gramově barvení fixuje komplex krystalové violeti s jódem tak silně, že zůstává buňka i po odbarvování modrá. U gramnegativních bakterií je vrstva peptidoglykanu tenčí a na povrchu je pokryta fosfolipidovou membránou, která brání prostupu krystalové violeti. V cytoplasmě jsou dále rozptýleny ribozómy, vakuoly, inkluzní tělíska, plazmidy a různé typy granul. Některé bakterie mají na svém povrchu fimbrie nebo bičíky, které slouží k pohybu.
Růst
a množení bakterií
Pro
bakterie je charakteristické nepohlavní
množení. Délka
reprodukčního cyklu je
v závislosti na podmínkách
prostředí dlouhá od 20–150 minut.
Růstový a
reprodukční cyklus bakterií
začíná prodlužováním buňky
a replikací kruhové DNA
bakterie. (fáze růstu).
Nově vzniklé
nukleoidy jsou následně od sebe
odpoutávány vznikající
membránou (tvorba septa).
V konečné fázi
dochází k dělení
buněk, kdy
z buňky mateřské vznikají dvě
dceřinné. Za ideálních
podmínek probíhá
dělení bakterií geometrickou řadou. Během
každé generační doby = délka jednoho
růstového cyklu se počet buněk
zdvojnásobí. Ve skutečnosti však
k tomu
nedochází, protože množení
bakterií je limitováno podmínkami
prostředí a
živinami.
Růstová
křivka
bakterií zahrnuje 4
důležité fáze:
Nejkompletnější
přehled bakterií a archeí včetně jejich
taxonomického zařazení je publikováno
v
Bergey’s manual of systematic bacteriology (první
vydání v roce 1984,
aktuální
je 2. vydání).
Základní klasifikace bakterií je možná dle jejich barvitelnosti. Ze spousty barvících metod nejdůležitější metodou je diagnostické barvení dle Grama.
Při barvení dle Grama se fixovaný preparát nejprve obarví krystalovou violetí, která způsobí tmavomodré až modrofialové zabarvení buněk. Následuje přidání Lugolova roztoku, který v obarvených buňkách tvoří komplexy s barvivem (Lugolův roztok obsahuje jód). Dále se preparát oplachuje alkoholem. U grampozitivních bakterií nedochází k vymytí komplexu krystalové violeti s jódem a bakterie tak zůstávají tmavomodré. U gramnegativních je nutné dobarvení safraninem nebo fuchsinem a bakterie jsou pak zbarveny dočervena. U grampozitivních bakterií přidání těchto slabých barviv tmavěmodré zbarvení neovlivní.
Velký
význam má toto barvení při
diagnostice, kdy dříve než se bakterie
identifikují
kultivací, lze určit, zda se jedná o
grampozitivní nebo gramnegativní. Na
základě toho lze pak rozhodnout o nasazení
vhodné terapie např. antibiotiky. Některé
druhy bakterii nejsou schopny barviva přijímat a
běžným Grama barvením se
neobarví. Řadíme zde tzv.
acidorezistentní bakterie a
nejvýznamnějším zástupcem
jsou mykobakterie, původci tuberkulózy (Mycobacterium
tuberculosis). Známky
acidorezistence vykazují i bakteriální
spory.
Zástupci
grampozitivních bakterií:
-
podrží
si komplex barviva s jodem a
jsou tmavomodré
Staphylococcus
(hnisavé infekce, mastitidy)
Streptococcus
(hnisavé infekce, mastitidy, hříběcí)
Erysipelothrix
(červenka prasat)
Lactobacilus
(nepatogenní bakterie)
Bacillus
(antrax, hniloba
včelího plodu)
Clostridium
(tetanus,
botulismus)
Zástupci
gramnegativních bakterií:
-
rychle
se odbarví, a jsou pak červené
Escherichia
(edémová choroba prasat)
Salmonella
(pulorová
nákaza)
Pseudomonas
(mastitidy,
septikemie včel) Moraxella (infekční
keratokonjunktivitida skotu)
Sporogenní a
nesporogenní bakterie
Schopnost
tvořit spory je vytvořena u
některých grampozitivních bakterií.
Mezi významné rody patří Bacillus a Clostridium, které
tvoří
spory uvnitř buňky (endospory).
Tvar, velikost a uložení spor je charakteristické
pro daný druh bakterií.
Zpravidla jsou oválného nebo
kulovitého tvaru a vyznačují se vysokou
odolností
vůči vlivům zevního prostředí, nulovým
metabolismem a nízkým obsahem vody.
K procesu tvorby spor (sporulace)
dochází v případě
nepříznivých životních
podmínek. Sporulací
se mateřská buňka rozpadá a nově
vzniklá spora se uvolňuje do prostředí.
Taková to spora může přežívat
v prostředí i několik let. Dostane-li
se spora do příznivých podmínek,
dochází k jejímu
klíčení a
její aktivaci.
Aktivovaná spora začne přijímat vodu a
tím
ztrácí svou odolnost.
Dochází
k uvolnění sporových obalů a ke vzniku
nové
vegetativní buňky.
Potřeba
kyslíku
Podle schopnosti tolerovat přítomnost kyslíku rozlišujeme aerobní a anaerobní bakterie. Aerobní bakterie vyžadují pro svůj metabolismus a růst kyslík. Můžeme zde zařadit např. rod Pseudomonas, Vibrio, Mycobacterium. Přítomnost kyslíku naopak působí inhibičně nebo toxicky u anaerobních bakterií, které vyžadují absenci kyslíku v prostředí. Mezi takové to bakterie patří např. rod Clostridium, Fusobacterium. Některé anaerobní bakterie jsou aerotolerantní, což znamená, že kyslík pro svůj metabolismus nevyužívají, ale přítomnost kyslíku snášejí, např. Clostridium perfringens. Většina bakterií je nicméně schopna přežívat v aerobních i anaerobních podmínkách, kdy v přítomnosti kyslíku je jejich metabolismus účinnější a jsou schopny rychlejší růstu a rozmnožování. Patří zde např. rod Escherichia coli, Staphyloccocus, Salmonella, Bacillus. Zvláštní skupinu tvoří bakterie s anaerobním metabolismem u nichž nízké koncentrace kyslíku množení urychlují. Tyto bakterie vyžadují mikroaerofilní atmosféru, která má specifické složení. Řadíme zde např. rody Campylobacter, Lactobacillus.
Pro
diagnostiku a získané výsledky je
velice důležitá preanalytická
fáze,
která obecně zahrnuje adekvátní
přípravu
pacienta a vlastní odběr vzorku jeho
transport a příjem vzorků laboratoří. Pro
vlastní
vzorky je důležité, aby byly
odebrány ze správného
místa, což je
takové místo, kde
předpokládáme
nejvyšší
přítomnost mikroorganismu. V souvislosti
s vývojem onemocnění je
potřeba odebrat vzorky ve správný čas,
ideálně
v době, kdy je v daném
místě bakterií nejvíce.
Jakákoliv diagnostika může být znehodnocena, pokud jsou vzorky při odběru nebo přepravě kontaminovány. Důležitý je správný odběr, a to asepticky. Vzorky odebíráme vždy do vhodných souprav, které jsou označené a sterilní (nádoby, zkumavky, transportní půdy apod.). Pokud jsou odesílány vzorky do laboratoře je kromě označení vzorku nutné vyplnit žádanku, kde je stanoveno požadované vyšetření a další důležité informace.
K vyšetření musí být vzorek dopraven co nejdříve. Pokud nelze provést diagnostiku ihned, lze uchovat likvor, hemokultivační lahvičky a bakterie na tamponu v transportní půdě AMIES při pokojové teplotě nejvýše 24 hodin. Ostatní biologický materiál (moč, stolice, sražená krev, sputum, aspiráty, tekutý materiál a jiný cizorodý materiál lze skladovat při chladničkové teplotě (+4°C).
Obr. 1.: Sterilní odběrová souprava-tampón a Amiesovo médium
•
výtěry
•
stěry
z postižených tkání
•
sekrety
•
sekční
materiál
•
krev
•
mozkomíšní
mok
•
moč
•
výkaly
Mikrobiální
diagnostika
umožňuje přímý a nepřímý
průkaz původce daného onemocnění.
Je
založen na přímé identifikaci původce ve vzorku,
tím, že můžeme pozorovat např.
prostřednictvím mikroskopie v nativních
nebo barvených preparátech.
Základní metodou přímého
průkazu je ale především kultivace na Petriho
miskách
nebo ve zkumavkách. Další
identifikace konkrétního
druhu je možná vyšetřením
biochemických vlastností nebo
stanovením antigenů.
V klinické praxi má dále
význam stanovení citlivosti vůči
antibiotikům. V současnosti
má pro
přímou identifikaci rostoucí význam
průkaz nukleových kyselin prostřednictvím
metod molekulární biologie.
V přímé
diagnostice pomocí mikroskopu lze využít
nativní nebo barvené preparáty.
Nativní
preparáty se pro bakteriologické
vyšetření používají
ojediněle. Mnohem
více se využívají při diagnostice
plísní nebo parazitů.
Pro bakteriologii
nachází nebarvené preparáty
uplatnění při diagnostice syfilitidy. Nejčastěji
se pro diagnostiku využívají preparáty
barvené podle Grama. Kromě
velikosti, tvaru a uspořádání
nám umožňují rozlišit bakterie na
modrofialové
(grampozitivní) a červené
(gramnegativní).
Podstatou rozdílu v barvení jsou odlišnosti ve stavbě bakteriální stěny. Na rozdíl od gramnegativních, kde se komplex krystalové violeti s jódem alkoholem vyplaví, v gramnegativní zůstává a díky tomu jsou zde v zabarvení rozdíly.
Význam
rozdělení na grampozitivní a
gramnegativní
spočívá ale především
v odlišné
citlivosti na různé skupiny antibiotik.
Postup
barvení:
-
fixace
vzorku
-
primární
barvení krystalovou violetí (Gram I), 20-30 s,
barvivo slijeme
-
přelití
preparátu Lugolovým jodovým roztokem
(Gram II),
20-30 s, barvivo slijeme
-
opláchnutí
a odbarvení alkoholem (Gram III),
opláchnutí
vodou
-
osušení
filtračním papírem a dobarvení
karbofuchsinem (Gram
IV), 60 s
-
opláchnutí
vodou, osušení a zaschnutí
Některé
bakterie jsou
vůči barvení Grama rezistentní. Takové
to bakterie označujeme jako
acidorezistentní. Příkladem
těchto
bakterií jsou mykobakterie, které jsou původcem
tuberkulózy. U mykobakterií se
využívá např. barvení
dle
Ziehla-Neelsena. Pod
mikroskopem lze
pozorovat růžové acidorezistentní tyčinky na
modrém nebo zeleném pozadí.
Postup
barvení:
-
barvení
se provádí za horka, opakovaný ohřev
do výstupu
par, a to koncentrovaným karbolfuchsinem
-
odbarvení
kyselinou sírovou nebo alkoholem
-
opláchnutí
a dobarvení metylenovou modří nebo malachitovou
zelení
Pro
identifikaci
specifických vlastností již
konkrétních druhů bakterií,
které jsme
diagnostikovali např. kultivací lze využít
některé ze speciálních metod
barvení, a to barvení na spory, pouzdra, granula
nebo bičíky.
Barvení
na spory
lze využít pro hodnocení morfologie
bakterií rodu
Bacillus nebo Clostridium. Spory jsou kvůli svému
odolnému obalu velmi špatně
propustné pro barviva.
Z tohoto
důvodu je nutné použít pro obarvení
koncentrovanější barviva.
Využívá se
barvení podle Schaefer-Fultona,
kdy
se spory barví zeleně a vegetativní buňky růžově.
Postup
barvení:
-
přelití
fixovaného preparátu roztokem
malachitové zeleně
-
zahřívání
nad plamenem do výstupu par, nesmí vařit
-
opláchnutí
vodou
-
nanesení
roztoku karbolfuchsinu (30-60 s)
Spory
lze zviditelnit
i bez barvení a to ve fázovém kontrastu,
kdy díky vysokému
indexu lomu spory v nebarveném preparátu
jasně září.
Barvení
na pouzdra
Bakterie,
které vytváří kolem své
buňky pouzdra obarvit
negativním barvením dle
Burriho.
Bakterie se zde barví dle použitého barviva a
pouzdra tvoří světlé dvorce na
černém pozadí.
Postup
barvení:
-
homogenizace
bakteriální suspenze v kapce
destilované
vody
-
smíchání
s kapkou tuše
-
nátěr
na sklíčko, zaschnutí a fixace plamenem
-
obarvení
methylenovou modří, karbolfuchsinem nebo
malachitovou zelení
- opláchnutí vodou a osušení
Vypěstování
bakterií na vhodných půdách
představuje stále nejdůležitější
metodu
v přímém průkazu bakterií.
Kultivace umožňuje kvalitativní i kvantitativní
stanovení mikroorganismů. Pro kultivaci jsou
důležité očkovací pomůcky, vhodné
sterilní živné půdy, kultivační
nádoby (pro mikroaerofily nádoby
s řízenou
atmosférou), termostat nebo temperovaný box.
V případě psychrofilní
bakterií pak chladnička.
Prvním krokem kultivace je přenesení mikroorganismu z vyšetřovaného vzorku (tzv. inokulum) do sterilní živné půdy. Tento postup se nazývá očkování – inokulace. Nutné je postupovat tak, aby nedošlo ke kontaminaci vzorku (pracujeme asepticky).
Očkování je prováděno do kultivačních medií, kterých existuje celá řada v závislosti na požadavcích mikroorganismů na výživu, růstové faktory – vitamíny, aminokyseliny, pH, osmotický tlak, apod. Kultivační média mohou být přírodního nebo syntetického původu s tekutou, polotuhou nebo tuhou formou. Půdy tekuté označujeme jako bujony a nalévají se do zkumavek, půdy pevné jako agary a při přípravě se nalévají do Petriho misek, kde ztuhnou.
Podle
účelu použití dělíme půdy na
transportní (zachování
životaschopnosti při
transportu vzorků do laboratoře), konzervační
(umožňují uchování mikroorganismů
po delší dobu), resuscitační,
pomnožovací (selektivní: podporují
růst určité
skupiny bakterií, neselektivní),
izolační (opět může být selektivní a
neselektivní).
Mezi
základní
kultivační půdy využívané
v laboratořích patří krevní
agar, Endova půda,
MacConkeyův agar nebo bujon. Na krevním agaru roste
většina známých mikrobů. Na
půdě Endově nebo MacConkeyově agaru lze určit kolonie
gramnegativních bakterií
(především enterobakterie e
pseudomonády).
V případě, že vzorek obsahuje
málo mikrobů, využívá se bujon. Kromě
základních a obohacených
médií existuje média
selektivní, selektivně
diagnostická nebo chromogenní pro diagnostiku
konkrétních skupin a druhů
bakterií. U selektivních půd je podpořen
růst určité skupiny bakterií a
růst ostatních je potlačen, např. krevní agar
s 10 % NaCl pro záchyt
stafylokoků. U diagnostických půd se ověřují
biochemické vlastnosti některých
bakterií, z tohoto důvodu obsahují
vhodný substrát a indikátory
biochemické aktivity (nejčastěji indikátory změny
pH). Zpravidla se
využívají kombinace obou
předchozích. Příkladem
selektivně-diagnostických půd je Endova půda, XLD agar
nebo MacConkey agar. Chromogenní půdy obsahují
chromogen, což je substrát
s navázaným barvivem.
V případě, že bakterie obsahuje
příslušný
enzym, rozštěpí chromogen a uvolněné
barvivo způsobí charakteristické
zabarvení, např. pro průkaz Escherichia coli nebo salmonel.
Délka inkubace a teplota je závislá na typu půdy a prokazovaných bakteriích. Zpravidla se kultivuje při teplotě 37 °C, 1 až 3 dny, kdy vyroste většina bakterií. Mezi bakterie, které mají dlouhou generační dobu, a tedy rostou i velice dlouho patří mykobakterie. Na agarech rostou 6-10 týdnů, což komplikuje jejich diagnostiku.
Po kultivaci je možné provést zhodnocení vzhledu vykultivovaných kolonií a to makroskopicky. Hodnotíme tvar, okraje a velikost kolonií, jejich barvu, přítomnost zápachu nebo vůně a také rychlost růstu kolonií. Dále můžeme provést mikroskopické vyšetření, viz výše.
Konkrétní
druh bakterií je kromě morfologie makroskopické a
mikroskopické možné určit na
základě biochemických vlastností.
Např.:
Průkaz
tvorby sirovodíku
– reakce je pozitivní u Salmonel,
negativní u Escherichia coli.
Test
na průkaz katalázy
– většina aerobních a fakultativně
anaerobních bakterií tvoří enzym
katalázu,
který rozkládá peroxid
vodíku na vodu a kyslík (pozitivní
reakce u stafylokoků,
negativní u streptokoků).
Dále
se využívá průkaz specifických
antigenů, např. u salmonel nebo Escherichia coli, a to
pomocí sklíčkové
aglutinace. Stále častěji je pro detekci a
přímé určení původce
využíváno metod
na základě analýzy DNA nebo proteinů (PCR).
V klinické
praxi má velký význam
určení citlivosti a rezistence vůči antibiotikům.
Vzácněji je potřeba
prokázat virulenci a toxicitu, která se
dříve
prováděla prostřednictvím
biologického pokusu. Díky
uplatňování
konceptu 3R se však začaly používat pro
tato stanovení buněčné kultury.
V současnosti se ale
stále více využívá
k průkazu
toxinů, faktorů virulence a metabolitů metod
molekulární biologie.
Nepřímá
diagnostika bakterií je založena na průkazu
protilátek. Většinou
se k průkazu protilátek
využívá
krevním sérum, proto se
nepřímé metody označují jako
serologické. Kromě krve lze
protilátky stanovovat také v moči,
slinách, v likvoru nebo
v jiných tělesných
tekutinách. Jejich koncentrace však oproti krvi
bývají
zpravidla nižší. Nepřímá
diagnostika je založena na sledování
koncentrace
protilátek za delší časový
úsek (2-3 týdny).
Odebírají se proto vždy
párové
vzorky, a to z období akutních
klinických příznaků (počátek
onemocnění)
a z období rekonvalescence.
Pro posouzení stádia onemocnění je
důležité
odlišení protilátek typu IgM
(časná
akutní infekce) a IgG (již proběhlá infekce). Pro
nepřímou diagnostiku lze
využít celou řadu testů.
K nepřímému průkazu
bakterií lze využít také
průkaz specifické buněčné imunity –
tuberkulinace.
Přehled
serologických reakcí:
Jedna
z nejznámějších
serologických metod určená pro
stanovení koncentrace
protilátek proti korpuskulárnímu
antigenu.
Výsledkem reakce je vznik
aglutinátu, který je vločkovaný.
Nejjednodušší
metodou je rychlá
sklíčková aglutinace,
která se využívá
v terénní diagnostice tularemie a
brucelózy u zajíců.
Dále lze rychlou sklíčkovou aglutinaci využít při vyšetřování pullorové nákazy drůbeže. Princip metody u tularémie spočívá ve smíchání kapky krve s 10násobným množstvím antigenu (komerční preparát). V pozitivním případě dochází k projasnění tekutiny a vzniku vloček. Obdobný princip je i u průkazu brucelózy a pullorové nákazy.
Další metodou je pomalá zkumavková aglutinace, kterou už je nutné provádět v laboratoři a využívá se k diagnostice vozhřivky u koní. Zvláštním typem aglutinace je sérologická metoda, při níž je antigen navázán uměle na povrch erytrocytů a protilátky se proti příslušnému antigenu prokazují vznikem krevní sraženiny (hemaglutinace).
Nejznámější
reakcí tohoto typu je Paul-Bunnellova reakce
používaná v diagnostice
infekční
mononukleózy u lidí.
Pro průkaz protilátek, které nejsou schopny samy vyvolat aglutinaci (inkompletní protilátky) se využívá tzv. nepřímý antiglobulinový test (Coombsova reakce).
Lze ji využít pouze při dostatečném množství protilátek. Serologická reakce je založena na průkazu solubilního antigenu, který reakcí se specifickými protilátkami tvoří zákal – precipitát.
Metoda se provádí primárně v tekutých médiích. Její nevýhodou je malá citlivost. Z tohoto důvodu existuje celá řada modifikací této metody. Historicky nejstarší modifikací této reakce je prstencová (kroužková) reakce, která se používá k průkazu antraxu. Označuje se jako Ascoliho reakce. Antraxové antigeny jsou prokazovány specifickými protilátkami. Pozitivní reakce se projeví vznikem šedobílého proužku na rozhraní mezi vyšetřovaným vzorkem obsahujícím antigeny a krevním sérem se specifickými protilátkami. Další modifikace jsou založeny např. na vazbě na pevný nosič (ELISA). Kromě tekutého prostředí může precipitace probíhat i v gelu, což umožňuje lepší zviditelnění výsledné reakce. Příkladem může být radiální imunodifuze, kterou lze využít pro diagnostiku Infekční anémie koní, enzootickou leukózu skotu, Maedi-visna nebo paratuberkulózu přežvýkavců.
Mezi
další často využívané
metody průkazu protilátek u bakterií
patří:
- imunofluorescence, imunoenzymatické testy (ELISA, RIA) a Western blot.
Tuberkulinaceje kožní test, kdy jsou do krve aplikovány antigeny příslušného mikroba. Při pozitivním výsledku dochází k alergické reakci organismu (konkrétně reakce pozdní přecitlivělosti) a dochází v místě aplikace ke ztvrdnutí (indurace) a zduření. V klinické praxi se setkáváme s tuberkulinovými testy, kdy se do kůže aplikuje tuberkulin (antigenní preparát z mykobakterií). Pokud dojde k reakci pozdní přecitlivělosti, znamená to, že se organismus již s bakterií setkal. U lidí je důležité, aby výsledek tuberkulinace byl negativní (většina populace je stále proočkována vůči tuberkulóze). Tuberkulinace se provádí u skotu, prasat a drůbeže. Tuberkulin se aplikuje u skotu na dlaň před lopatku, u prasat do báze ušního boltce, u drůbeže do ušních lalůčků. Důležité je, aby místo vpichu bylo holé a na rozdíl od jiných aplikací a odběrů se místo vpichu nedezinfikuje. Posouzení velikosti indurace se provádí pomocí kutimetru. Alternativou pro diagnostiku tuberkulózy u zvířat je vyšetření protilátek prostřednictvím metody ELISA.