VFU Brno v současné době, obdobně jako další přední české univerzity, prochází významným obdobím změn. Vedení univerzity usiluje o zvýšení kvality výukové i výzkumné činnosti, podporuje strategický rozvoj především formou projektů z Operačních programu Výzkum a vývoj pro inovace (OP VaVpI).
Na tyto strategické projekty navazují inovativní akce, často financované z Operačního programu Vzdělávání pro konkurenceschopnost (OP VK), které usilují o inovaci studijních programů, rozvíjením spolupráce s podniky a předními výzkumnými institucemi, podporu komercializace a transferu technologií, ale také o zvyšování efektivity fungování centrálních pracovišť univerzity, které organizačně a administrativně zajišťují převážnou většinu těchto aktivit. Průvodním jevem tohoto dynamického vývoje je diverzifikace zdrojů financování univerzity a především zvyšování podílu projektového financování na celkovém rozpočtu univerzity.
Nicméně tento dynamický rozvoj se vyznačuje i některými stinnými stránkami či riziky. Jedná se o přetížení centrálních pracovišť náporem odborně náročných činností a změn jimi vyvolaných. Každý dotovaný projekt zahrnuje nezpůsobilé výdaje, což vyžaduje spolufinancování. VŠ tyto náklady kryjí především z institucionální podpory na VaV či příspěvku na vzdělávací činnost. Nicméně i tyto výdaje se snižují díky úsporám ve státním rozpočtu. Vezmeme-li v úvahu komerční nebo partnerskou spolupráci, může se v případě, že není možné přiřadit režijní náklady, stát, že finanční kompenzace spolupráce nepokryje její veškeré náklady.
Stávající vývoj tak představuje zvyšující se finanční riziko pro VŠ. Jednou z odpovědí pak je zavedení a uplatňování metodiky umožňující vykazování skutečných nepřímých výdajů a její důslednou aplikaci ve všech dotačních projektech a ve spolupráci s aplikační sférou.